使用稻妻雷门时，首先需明确其并非单一机关，主要分为可快速传送的相位之门与需解谜激活的封闭雷门两类。相位之门的激活方式相对直接，旅行者只需站在门框中间位置，观察其中能量流向并稍作停留，即可自动激活并完成传送。而对于知比山等处被封锁的雷门，则需完成其周边特定的解谜以激活机关，例如寻找并解开分布在雷门附近四个角落的机关谜题，全部激活后雷门才会开启。掌握不同类型雷门的启动前提，是进行高效探索的基础。
成功使用雷门的核心关键在于合理利用雷种子。稻妻地区遍布着雷樱枝条，与之交互可获得附身的雷种子。雷种子是穿越各种雷元素屏障的唯一凭证，强度不同的紫色雷屏障需要不同等级的雷种子才能通过，雷种子等级可通过向鸣神大社的神樱供奉雷之印来提升。借助雷种子才能与名为雷极的装置产生连锁，实现空中高速位移，这是抵达某些高位雷门或平台的必备手段。雷种子附身有时间限制，在通过高浓度雷元素区域时应尽快行动。
在操作涉及解谜的雷门时，需注意其特定的机制与顺序。例如在天云峠区域，存在需要旋转调整角度的雷门，将其转到正确方向后才能将自己发射至目标点。而在某些连续雷门场景中，则要遵循固定流程：有时第一个雷门会直接将你送至下一个雷门附近，此时不应立即调整第二个雷门的角度，而应直接进入，让它带你前往目标。若解谜失败，部分机关可以通过退出游戏重新登录来刷新状态，从而重新尝试。
使用雷门进行空中移动时，务必注意环境风险并规划好备用方案。在利用雷门或雷极进行长距离飞行时，应避免在途中主动打开风之翼或进行下落攻击，否则可能导致角色坠落至无法重新抵达的高度，迫使传送重来。稻妻部分区域伴有雷祸持续伤害或落雷天气，在雷种子失效或没有保护的情况下，需谨慎行动。若在跟随雷种子指引或雷门传送过程中不慎失误坠落，最稳妥的方法是直接利用已解锁的传送锚点返回起点附近，重新开始流程。
