一套阵容的构成远非简单地将强力角色堆砌在一起，其核心在于成员间的属性契合、技能联动与战术定位的明确分工。一个完整的阵容体系通常围绕着游戏中的几位主角展开，例如擅长火遁强攻的红莲之瞳火主，或是能通过追打恢复查克拉的疾风舞者风主。以他们为核心，搭配其他拥有特定能力的忍者，从而构建出具有战斗风格的队伍。常见的构建思路包括以单忍者超高强度为核心的菜刀队，追求极致的爆发输出；或是依据主角天赋特性进行搭配，例如围绕全女性忍者提升风主能力，亦或是组建多治疗忍者队伍最大化水主的医疗效果。这些不同的构建逻辑，决定了阵容中会包含输出核心、起手控制、辅助增益或防御承伤等不同职责的成员。
阵容成员的选择直接关联到他们的战斗定位。输出角色是队伍的利刃，负责造成主要伤害，这类忍者往往拥有强大的奥义技能或可观的群体伤害能力，例如宇智波斑、迪达拉或须佐能乎形态的佐助。前排坦克角色负责吸收伤害和保护队友，像我爱罗凭借护盾和控制能力，或鸣人的九尾分身都能承担起稳固防线的职责。辅助与控制角色则通过治疗、驱散不良状态、提供增益或者施加定身、混乱等控制效果来影响战局，静音、纲手、井野等忍者在此类定位上表现突出。一个均衡的阵容需要合理配置这些不同定位的成员，避免出现输出不足或生存能力过弱的情况。
成员间的技能联动是阵容发挥威力的关键，这体现在追打连击的配合与控制链的衔接上。许多忍者的技能可以造成击退、倒地、浮空等状态，从而触发其他队友的追打技能，形成连续的攻击波次。通过特定起手技能造成击退，触发追打造成倒地，再衔接造成浮空的技能，可以打出一套完整的追打连招，在造成高额伤害的同时还能回复查克拉。将拥有定身、封穴、目盲等控制技能的忍者组合在一起，可以形成连续的控制链，限制对手的行动和奥义释放，为己方创造安全的输出环境。这种深度的技能配合要求玩家对每个成员的技能机制有清晰的理解。
阵容的构建也需考虑玩家的资源投入与获取难度。游戏中存在阶梯式的忍者强度划分，顶级的SSS级忍者如大蛇丸、雷影固然能组成堪称版本答案的顶级阵容，但其获取难度较高。对于大多数玩家而言，基于手中已有的忍者进行合理搭配更为实际。可以利用部分强度较高的SS级或A级忍者作为核心，例如照美冥、黑土、小南等，他们同样能组成效果不俗的阵容。游戏前期系统赠送或较易获取的忍者，如少年篇的鸣人、佐助、鹿丸等，也能通过猪鹿蝶这样的经典组合形成有效的战斗力。资源管理的要点在于集中培养核心成员，并根据副本或竞技场的不同需求，灵活调整阵容配置。
没有一套阵容是万能的，其效力很大程度上取决于所面对的环境和对手。在玩家对战中，一套依赖追打回查克拉的阵容，如果遇到具有霸体效果、能免疫控制的敌人，其核心机制就可能失效。阵容需要根据对手的特点进行针对性调整或变通。在面对依赖普攻的阵容时，加入拥有目盲技能的忍者可以取得奇效；而在需要持续作战的副本中，治疗和护盾角色的重要性则会大幅提升。了解自己阵容的优势与弱点，比如是否惧怕群体伤害、是否容易被单体点破，是在更高层次战斗中取得胜利的前提。
