清籁岛的雷神瞳机关解谜主要涉及四个关键步骤，首先需要完成前置任务清籁逐雷记以解锁区域探索权限。该任务要求玩家冒险等阶达到30级并完成稻妻主线第二章第一幕不动鸣神，恒常乐土，随后在稻妻城冒险家协会附近触发任务。任务过程中会引导玩家逐步解除清籁岛的雷暴天气，这是后续解谜的基础条件。
完成区域解锁后，清籁丸沉船内的机关解谜是获取雷神瞳的核心环节。沉船甲板上有四个呈直角排列的罗盘机关，需要将四个罗盘的指针调整为两两相对形成长方形排列。解谜成功后船体侧边会破裂形成入口，需在船尾获取雷种子，借助雷极飞至桅杆顶端获取第一个雷神瞳。进入船舱后立即在左侧可见第二个雷神瞳，同时需跟随仙灵继续深入解谜。
船舱内部存在多层机关谜题，包括翻牌式地砖解谜和继电石谜题。地砖解谜需点亮相同图案的对应板块，通常采用1231231的循环激活顺序。继电石谜题要求玩家在船底洞穴击败敌人后，收集三个继电石并按特定线路摆放，激活后下层舱门开启。此处解谜过程中可顺路获取第三个雷神瞳，位于出口楼梯位置。
天云峠区域的雷神瞳获取需要运用新增的相位传送门机制。通过调整传送门角度可抵达不同浮空平台，其中最难获取的35号雷神瞳需在雷音权现平台使用雷种子升至高处，经过长时间滑翔才能取得。部分雷神瞳位于若雷结界内，必须携带对应等级的雷种子才能进入，结界位置通常能在周边找到雷樱枝条。
神社区域的雷神瞳隐藏较深，需注意三个特定位置：入口鸟居上方、主楼后方樱花树凹槽处以及悬崖下的假石背后。假石需用火元素角色攻击才能显露出内部的雷神瞳。清籁旧宝任务关联的雷神瞳则需完成NPC藤原俊子的系列任务，获取宝图后按指示解锁地面花纹机关，最终进入地下室获取。
所有雷神瞳位置均可通过游戏内元素视野辅助定位，紫色光效是重要识别特征。完成全收集后可将雷神像供奉至9级，获得相应奖励。
