组织成员获取忍者碎片的核心途径是通过参与组织专属活动。每周六的要塞争夺战是重要来源，成功占领要塞的组织可获得包含银徽章的宝箱，而拥有跨服资格的组织每月还能通过跨服赛事获取更高级别的奖励。组织商店是碎片兑换的关键场所，玩家需通过锻造忍具积累功勋，功勋数量与组织等级共同决定可兑换的碎片种类。叛忍来袭活动由首领或高层开启，击败四个大BOSS后可获得积分奖励，积分达到50分以上时能解锁高级叛忍宝箱，内含随机C/B忍碎片或勾玉。
组织功勋的积累依赖每日祈福与叛忍挑战。成员每日可免费祈福三次，选择焚香祈福（消耗铜币）或纳贡祈福（消耗金币），前者提供基础功勋和经验，后者收益提升50%并额外获得密令。密令用于参与迎击叛忍活动，下级叛忍掉落一级勾玉和基础功勋，中级叛忍奖励更丰厚，而BOSS战需积累足够愤怒值触发，击杀后必得大量功勋并有概率直接产出忍者碎片。组织等级提升后，商店会解锁更稀有的S级忍者碎片兑换权限。
跨服组织争霸赛是获取三代目猿飞日斩碎片的唯一渠道。本服战力排名前16的组织分为四组进行小组赛，决赛胜者晋级跨服赛。参赛成员需在准备阶段配置出战顺序，采用4场同步1V1车轮战机制，最终存活人数多的组织获胜。支持系统允许非参赛玩家押注冠军组织，预测成功可获得金币奖励。跨服赛冠军组织成员能领取限定S忍碎片，亚军则获得A忍碎片自选包。
碎片获取效率与组织活跃度直接相关。建议玩家优先加入具备稳定要塞占领记录的组织，这类组织通常有完善的叛忍挑战时间规划和资源分配制度。每日密令消耗应集中用于高级叛忍挑战，避免浪费在低级目标。功勋兑换需遵循先稀有后普通原则，S级碎片一旦刷新立即锁定。跨服赛期间需保留至少3次祈福机会，以便在赛前通过纳贡祈福临时提升战力属性加成。
